Program SMK Pusat Keunggulan merupakan pengembangan SMK dengan kompetensi keahlian tertentu dalam peningkatan kualitas dan kinerja, yang diperkuat melalui kemitraan dan penyelarasan dengan dunia usaha, dunia industri, serta dunia kerja.

Tahun 2024 SMK Kristen 1 Klaten telah menjadi SMK Pusat Keunggulan dengan mengangkat Jurusan Teknik Otomasi Industri sebagai jurusan yang diunggulkan. Jurusan Teknik Otomasi Industri merupakan Jurusan yang jarang ditemui di sekolah-sekolah lain. Melalui Program SMK PK ini diharapkan jurusan Teknik Otomasi Industri akan menjadi jurusan yang siap mencetak lulusan terbaik, mengingat semakin hari kemajuan teknologi semakin pesat dan banyak industri mengarah ke otomatisasi menggunakan robotik. Berbagai alat canggih didatangkan melalui PT Handal untuk menunjang proses pembelajaran di SMK Kristen 1 Klaten. Salah satunya yaitu robot lengan 6 aksis, yang mana alat ini hanya ada beberapa saja di seluruh Indonesia. Selain mendatangkan berbagai alat canggih, ruang praktik juga sudah direnovasi sehingga menjadi lebih baik dan berstandar industri.